1.Департамент Содружества Независимых Государств
является структурным подразделением Министерства иностранных дел Кыргызской Республики, осуществляющим реализацию принципов и основных направлений внешней политики Кыргызской Республики в отношении государств-участников Содружества Независимых Государств, в рамках региональных международных организаций: СНГ, Евразийское Экономическое Сообщество (ЕврАзЭС), Организация Договора о Коллективной Безопасности (ОДКБ), а также Международного Фонда спасения Арала (МФСА) и Межгосударственной координационной водной комиссии (МКВК) и др.
2.Департамент западных стран
является структурным подразделением Министерства иностранных дел Кыргызской Республики, в основные направления, деятельности которого входит реализация принципов и основных направлений внешней политики Кыргызской Республики в отношении государств Америки, Европы и Балтии, европейских региональных международных организаций политического характера, а также обеспечение установления и всемерного развития двусторонних отношений Кыргызской Республики с курируемыми странами в политической, экономической, культурно-гуманитарной и иных сферах.
3.Департамент Восточных стран
является структурным подразделением Министерства иностранных дел Кыргызской Республики. В основные направления деятельности Департамента входит реализация принципов и основных направлений внешней политики Кыргызской Республики в отношении КНР, стран Дальнего, Ближнего Востока и Африки, Южной и Юго-Восточной Азии, Ирана, Афганистана, Монголии, азиатских и исламских региональных международных организаций. Обеспечивает установление и всемерное развитие двусторонних отношений Кыргызской Республики с курируемыми странами в политической, экономической, научно-технической, культурно-гуманитарной и иных сферах.
4.Департамент Международных организаций и безопасности
является структурным подразделением Министерства иностранных дел Кыргызской Республики, осуществляющим реализацию задач по продвижению внешнеполитических интересов республики в рамках Организации Объединенных Наций, Организации по Безопасности и сотрудничеству в Европе и других международных организаций, а также обеспечению международной безопасности Кыргызской Республики.
5.Департамент международного экономического сотрудничества
является структурным подразделением Министерства иностранных дел Кыргызской Республики. В основные направления деятельности Департамента входит, в установленном законодательством Кыргызской Республики порядке, реализация экономического направления внешнеполитического курса Кыргызской Республики в координации с другими структурными подразделениями и учреждениями, входящими в систему Министерства. Внесение соответствующих предложений Министру иностранных дел по вопросам разработки основных приоритетов и направлений внешнеэкономической политики Кыргызской Республики.
6.Департамент консульской службы
является структурным подразделением Министерства иностранных дел Кыргызской Республики. Департамент осуществляет защиту прав и интересов физических и юридических лиц Кыргызской Республики за рубежом, в том числе мигрантов, осуществляющих свою трудовую деятельность за границей, в соответствии с нормами международного права и законодательством КР. Содействует развитию торгово-экономических связей между Кыргызстаном и иностранными государствами, готовит предложения по расширению сотрудничества по консульским вопросам Кыргызской Республики с иностранными государствами. Участвует в разработке и реализации визовой политики КР в отношении иностранных государств.
7. Департамент по общим вопросам
Департамент по общим вопросам является структурным подразделением Министерства иностранных дел Кыргызской Республики. В функции Департамента входит документационное обеспечение деятельности МИД и загранучреждений КР, организация, в соответствии с нормативно-правовыми актами Кыргызской Республики, единой системы делопроизводства в системе Министерства. Также осуществление контроля за выполнением системой Министерства решений и поручений Президента Кыргызской Республики, Администрации Президента КР, Жогорку Кенеша КР, Правительства КР, Премьер- министра КР, Аппарата Премьер-министра КР, Министра иностранных дел КР и его заместителей.
8.Международно-правовой департамент
является структурным подразделением Министерства иностранных дел Кыргызской Республики. Основными задачами МПД являются осуществление реализации принципов и основных направлений внешней политики Кыргызской Республики в области международно-правовых отношений, осуществление деятельности, связанной с оформлением участия Кыргызской Республики в международных договорах.
9.Валютно-финансовый департамент
является структурным подразделением Министерства иностранных дел Кыргызской Республики. Департамент осуществляет учет исполнения смет расходов по бюджету и внебюджетным средствам в соответствии с законодательством Кыргызской Республики, ведомственными нормативными актами, инструкциями по бухгалтерскому учету. Ведет бухгалтерский учет исполнения смет расходов по мемориально-ордерной форме бухгалтерского учета. Осуществляет систематический контроль за ходом исполнения смет расходов, состоянием расчетов с предприятиями, организациями, учреждениями и лицами, строго соблюдает финансово-бюджетную дисциплину и максимальную экономию материальных ценностей и денежных средств.
10.Департамент государственного протокола
является структурным подразделением Министерства иностранных дел Кыргызской Республики. Основными задачами являются: осуществление совместно с территориальными и функциональными подразделениями Министерства предварительной подготовки визитов Президента Кыргызской Республики, Премьер-министра Кыргызской Республики, Торага Жогорку Кенеша Кыргызской Республики и Министра иностранных дел Кыргызской Республики за рубеж, обеспечение мер организационно-протокольного характера при организации международных встреч Высших должностных лиц Кыргызской Республики (Президент КР, Премьер-министр КР, Торага Жогорку Кенеша КР, Министр иностранных дел КР), оказание содействия дипломатическим представительствам, консульским учреждениям иностранных государств и представительствам международных организаций в их взаимодействии с органами государственной власти Кыргызской Республики в вопросах касающихся обеспечения их иммунитета и привилегий на территории Кыргызской Республики.
11.Группа по делимитации и демаркации госграницы
является структурным подразделением Министерства иностранных дел Кыргызской Республики. Основным направлением деятельности Группы является осуществление реализации принципов и основных направлений внешней политики Кыргызской Республики по вопросам делимитации и демаркации государственной границы с Республиками Казахстан, Узбекистан, Таджикистан и Китайской Народной Республикой.